青海三江源自然保护区区位于我国的西部、青藏高原的腹地、青海省南部，为长江、黄河和澜沧江的源头汇水区。其东、东南部与甘肃省、四川省相邻，南部、西部与西藏自治区相接，北部分别与治多县的可可西里国家级自然保护区、海西藏族蒙古族自治州的格尔木市和都兰县交界，东北部与海南藏族自治州的共和县、贵南县、贵德县和黄南藏族自治州的同仁县接壤。地理位置为北纬31。39’-36。12’，东经89。45’-102。23’，行政区域涉及包括玉树、果洛、海南、黄南四个藏族自治州的16个县和格尔木市的唐古拉乡，总面积为36.3万km2，约占青海省总面积的50.4%，其中三江源自然保护区面积15.23万km2。